Research at ArıkanLab

Pozitif Etiketsiz Öğrenme ile Antikanser Peptit Tahmini

Kombucha Mikrobiyomundaki Mikrobiyal Etkileşimlerin Zamana Bağlı Çok Katmanlı Meta-Omik Analizi

Antarktik Toprak Mikrobiyotasında Kolorektal Kanser Tedavisinde Kullanılabilecek Aday Antikanser Peptitlerin Tespiti ve In Vitro Test Edilmesi

This project aims to identify candidate anticancer peptides from Antarctic soil microbiomes and assess their potential for colorectal cancer treatment through bioinformatic screening and in vitro testing. A bioinformatics pipeline developed as part of the project was published in: Erözden, A. A., Tavşanlı, N., Demirel, G., Şanlı, N. Ö., Çalışkan, M., & Arıkan, M. (2026). MetaPepticon: automated prediction of anticancer peptides from microbial genomes and metagenomes. PeerJ, 14, e20990. https://doi.org/10.7717/peerj.20990

Alfa-Sinükleinopatilerde Ortak Ve Hastalığa Özgü Konak-Mikrobiyom İlişkilerinin Entegre Multi-Omik Analizlerle İncelenmesi

Asya Kaplan Sivrisineğinde Cry Toksin Etkinliği ile Bağırsak Mikrobiyotası Arasındaki İlişkinin İncelenmesi

İstanbul Boğazındaki Mikroplastik Kirliliğinin Balık Mikrobiyomlarına Etkilerinin Entegre Multi-Omik Analizlerle İncelenmesi

Gıda İlişkili Plazmidlerin Küresel Ölçekte Metagenomik Analizi

Cry4Ba toksininin Aedes albopictus larvalarında gen ifadesi üzerindeki etkilerinin incelenmesi

Metaproteomik Çalışmaları İçin Çevrimiçi Biyom Özgül Protein Veri Tabanları Koleksiyonu Oluşturulması

Pestisit Kullanımının Toprak Mikrobiyotasına Etkisi

This project investigated the temporal and successional responses of an urban garden soil microbiome in Istanbul, Türkiye, following DDT exposure under laboratory-controlled microcosm conditions. The findings were published in: Gök, A., & Arıkan, M. (2026). DDT exposure drives time-dependent restructuring of soil microbiomes in urban garden microcosms. Journal of Environmental Science and Health, Part B, 1–9. https://doi.org/10.1080/03601234.2026.2679866

Güvercin Dışkı Mikrobiyomlarındaki Antibiyotik Rezistom Profilinin Shotgun Metagenomik Analizlerle İncelenmesi

This project used shotgun metagenomic sequencing to characterize the microbiome and antibiotic resistome profiles of urban pigeon fecal samples collected from public squares in Istanbul, Türkiye. A genomic resource generated through the project was published in: Kocakahya, İ., Şahin, G., Büyükkahraman, E., & Arıkan, M. (2026). Metagenome-assembled genomes from urban pigeon feces in Istanbul, Türkiye. Microbiology Resource Announcements, 15, e01405-25. https://doi.org/10.1128/mra.01405-25